Nació en la ciudad de San Juan Bautista Misiones, en Paraguay. Fue miembro de una numerosa familia con gran interés en la música, prueba de ello es que sus siete hermanos tocaban un instrumento cada uno y formaban la Orquesta Barrios. Su padre fue el argentino Doroteo Barrios, cónsul de su país en Misiones, y su madre Martina Ferreira, profesora (directora) de la escuela de niñas de Villa Florida.

Hasta los 13 años Agustín tocaba en la Orquesta Barrios y un día de 1898 luego de un concierto se acercó Gustavo Sosa Escalada y lo acogió como su alumno en el Ateneo Paraguayo (entonces llamado Instituto Paraguayo) donde fue introducido formalmente al estudio de la guitarra clásica. Bajo la influencia de su maestro, Barrios pasó a estudiar las obras más conocidas de los compositores más importantes de guitarra clásica hasta ese momento, como: Francisco Tárrega, José Viñas Díaz, Fernando Sor, Dionisio Aguado, Julián Arcas y Joaquín Parga. Sosa Escalada estaba tan impresionado con su nuevo alumno que convenció a los padres del joven Agustín para que lo dejasen mudarse a Asunción para continuar su educación musical y académica en el Colegio Nacional de la Capital, donde tuvo como Instructor a Nicolino Pellegrini, donde además de música, estudió matemáticas, periodismo y literatura.

Luego de graduarse en el Colegio Nacional de la Capital, en Asunción, comenzó a presentarse en conciertos y a componer. Su primera presentación como solista fue en 1907 en un espectáculo organizado por Sosa Escalada. En 1908 ya era conocido en todo el Paraguay por sus presentaciones con su hermano, el poeta Francisco Martín Barrios. Agustín tocaba la guitarra y Francisco recitaba.

En 1910 Barrios salió por primera vez del país para ofrecer un par de presentaciones en Corrientes (Argentina), y debido al gran éxito que tuvo, aquel regreso planeado para la semana siguiente de los conciertos se pospuso por 12 años. De Corrientes pasó a Buenos Aires y de allí viajó a Uruguay en 1912, Brasil en 1916, y a Chile. Pertenecen a este periodo obras notables como: La Catedral (1921), Estudios y Preludios, Madrigal, Allegro Sinfónico y Las Abejas (1921). La crítica internacional lo calificaba como uno de los más grandes concertistas del mundo y lo llamaban mago de la guitarra.

Luego de 12 años, Agustín y su hermano Francisco retornaron al Paraguay que se encontraba en una guerra civil, a pesar de la cual realizó varias presentaciones tanto en Asunción como en el interior. El musicólogo Juan Max Boettner menciona: Lo recuerdo allá por 1922, en una noche de luna en San Bernardino. Él con su guitarra embrujada deleitándonos horas enteras. Su hermano recitaba "Oyendo a Beethoven" y el ejecutaba como música de fondo "Claro de luna" en una adaptación propia. En enero de 1925 hizo su penúltima presentación en Paraguay, en la Plaza Uruguaya, donde el mismo ayudó a construir el escenario y acarrear las sillas, porque dice cierta gente que no le dejaba el gobierno dar una presentación en el teatro municipal. En esa ocasión presentó su obra El Bohemio. El 25 de febrero de 1925 se alejó definitivamente del Paraguay.

En 1929 inició una gira por varias ciudades del Brasil, por lo que el carnaval del año siguiente lo encontró en Río de Janeiro donde conoció a Gloria quien sería su compañera hasta el final de su vida. Entre 1932 y 1934, Barrios dio presentaciones en República Dominicana, Venezuela, Trinidad, Panamá, El Salvador, Colombia, Costa Rica, México, Guatemala y Honduras.

A fines de 1932 decidió presentarse en Europa y Estados Unidos, pero recién se concretó lo primero en 1934 cuando Tomás Salomoni, embajador del Paraguay en México, realizó gestiones para su presentación en Bélgica, en el Conservatario Real de Bruselas, en septiembre de 1934. De Bruselas pasó a París, Berlín y Madrid. Tras últimas investigaciones realizadas por Lito Barrios, encontramos que Tomás Salomoni fue compañero de aula de Agustín Barrios, en el Colegio Nacional de la Capital, en todos los cursos realizados por Agustín. Esto concuerda con que Salomoni haya auspiciado a Mangoré su viaje, no sólo por ser Barrios un eximio artista, sino porque eran amigos de infancia.

El 14 de agosto de 1932 se presentó, en Bahía, Brasil, como Nitsuga Mangoré, el Paganini de la guitarra de las selvas del Paraguay, donde la palabra Nitsuga corresponde a Agustín, escrito al revés; y Mangoré viene de un legendario jefe guaraní que murió de amor; además del nombre, adoptó también la idea de presentarse en concierto con trajes tradicionales de Paraguay.

Fue tanto el éxito obtenido con el personaje de "Mangore" que en varios países fue más conocido con el nombre del cacique que con el nombre propio. Además él mismo se encargó de divulgar la leyenda que fue educado en las reducciones jesuíticas, que desaparecieron antes de 1800.2

Talento y personalidad

Barrios estaba interesado no sólo en la música, se acercó a la filosofía, poesía y teología. Además de castellano y guaraní, la lengua nativa de Paraguay, tenía cierto conocimiento de inglés, alemán y francés.

Barrios fue muy reconocido por sus interpretaciones, en vivo y en grabaciones, fue el primer guitarrista clásico en grabar de forma comercial en discos de 78 rpm-.3​

Su conocimiento de la teoría musical le permitió componer en varios estilos: barroco, clásico, romántico y descriptivo. Su música se caracteriza por ser de carácter folclórico, imitativo y religioso.

Sus composiciones se basan en cantos y danzas de toda América Latina, entre otras: cueca, chôro, estilo, maxixa, milonga, pericón, tango, zamba, zapateado, polca paraguaya, etc.

La mayor parte de sus obras se pueden considerar de carácter Romántico tardío, a pesar de haber vivido musicalmente en la primera mitad del siglo XX. Compuso preludios, estudios, valses, mazurcas, tarantelas y romanzas.

Su creatividad le permitió componer más de 300 piezas para guitarra, las cuales son fuertemente impulsadas y defendidas por Berta Rojas, César Amaro, John Williams, David Russell, Laurindo Almeida, Abel Carlevaro, Jesús Benitez, Alirio Díaz, entre otros, además de ser consideradas ampliamente de las más importantes en el repertorio de la guitarra clásica.

Jesús Benitez [1932-2007], guitarrista peruano que ha grabado varios álbumes de Barrios expresó: "Barrios tuvo que bañarse en la fuente del arte para componer como compuso, y así fue; sus obras han prevalecido y prevalecerán para siempre."

Barrios tenía un carácter excéntrico y ciclotímico. Pasaba por largos periodos depresivos en los que no componía ni tocaba la guitarra y por etapas en las que estaba tan eufórico que se encerraba a componer y practicar sin considerar el tiempo. Fue reconocido además como un buen atleta.

Sus últimos años en El Salvador

Barrios regresó de su gira europea en 1936 y se presentó en Venezuela, Haití, Cuba, Costa Rica, Nicaragua, El Salvador, México y Guatemala. Nunca pudo cumplir su sueño de tocar en Estados Unidos porque la visa a su compañera Gloria le fue negada.

Estando en México sufrió un infarto y un paro respiratorio y los médicos le recomendaron alejarse de las preocupaciones. Unos amigos le invitaron a radicarse en Costa Rica pero aceptó la invitación del general Maximiliano Hernández Martínez, entonces Presidente de El Salvador, quien le ofreció una estadía permanente en 1939.

Después de su recuperación, como favor personal el General Martínez le pidió aceptar el nombramiento como profesor de guitarra del Conservatorio Nacional de Música de El Salvador.

El 7 de agosto de 1944 sufrió un infarto que le ocasionó la muerte a los 59 años. El sacerdote que lo acompañó en su agonía comentó que Barrios dijo: "No temo al pasado, pero no sé si podré superar el misterio de la noche"[cita requerida].

Fue enterrado en el Cementerio de Los Ilustres en San Salvador.

Su legado: Los doce discípulos de Mangoré

Entre tantos países que visitó, El Salvador fue el que escogió el maestro:

1. Para recuperarse, sin saber que en realidad pasaría los últimos días de su vida.

2. Para enseñar sus técnicas, El Salvador fue el único país donde impartió su cátedra de guitarra. Tuvo sólo 12 alumnos (Todos salvadoreños), a los que llamaron "Los discípulos de Mangoré" en la "Escuela Nacional de Música y Declamación Rafael Olmedo".

En su libro "Agustín Barrios Mangoré: Genio de la Guitarra" su autor el Prof. D. Cándido Morales (el guardián de su escuela tras su muerte), uno de los doce discípulos de Mangoré señala que fue recibido como un gran artista y maestro, aclamado y vitoreado por grandes multitudes.

El Maestro Cándido Morales, fue el guardián de la guitarra de Mangoré hasta el último día de su vida, ya que, perpetuó la escuela Mangoreana en El Salvador, haciendo honor a lo que Mangoré le trasmitió y formando nuevos jóvenes talentos.

El virtuoso guitarrista de origen paraguayo dejó un legado universal de la guitarra clásica en varias naciones latinoamericanas. Pero como parte de su herencia, privilegió y honró con su muerte al país que lo acogió y lo admiró desde el primer día de su llegada.

Desde 1958 fue fundada la Fundación Mangoré de El Salvador.

En la década de los '70 la Asamblea Legislativa de El Salvador declaró la tumba del Agustín Barrios Mangoré como monumento nacional.

A los 50 años de su muerte el Palacio Legislativo le nombró "Noble artista, amigo meritísimo de la República de El Salvador".

Actualmente Mangoré continúa inspirando a muchísimos artistas jóvenes en el mundo entero. Sus obras son muy queridas incluso por las nuevas generaciones amantes del arte musical. Pronto se realizará una producción cinematográfica internacional sobre la vida de este genio y poeta de la música: "Nitsuga, el mago de la caja misteriosa". Kenni Bolaños, El Salvador

En el 2011 se realizó el concurso internacional de guitarra clásica Barrios World Wide Web Competition en el cual compitieron 70 guitarristas interpretando piezas del compositor Paraguayo. Tariq Harb de Jordania y Chen Chuan de China fueron los ganadores del concurso cuya final se celebró el 3 de diciembre en el gran teatro José Asunción Flores del banco central de Paraguay de la ciudad de Asunción. La Secretaría Nacional Del Turismo de la república del Paraguay (SENATUR) ha declarado de interés turístico Nacional al Barrios World Wide Web Competition en reconocimiento por el aporte que realiza para la divulgación y mayor conocimiento del abundante legado musical de este genio de la guitarra culta y por su contribución para que participantes y seguidores perciban claramente los rasgos más resaltantes de los valores culturales y tradicionales del Paraguay.