Ferrabosco nació en Greenwich, hijo ilegítimo del compositor italiano Alfonso Ferrabosco el mayor. Su madre podría haber sido Susanna Symons, con quien Alfonso el mayor se casó más tarde. Ferrabosco el más joven quedó bajo la tutela de Gomer van Awsterwyke, miembro de la corte de la reina Isabel I. Aunque Alfonso el mayor pidió que le enviaran a Alfonso el menor a Italia, donde se había mudado con su esposa, la reina insistió en que se quedara en Inglaterra. Ferrabosco permaneció al cuidado de Gomer van Awsterwyke hasta la muerte de Awsterwyke en 1592. En ese momento comenzó una larga carrera como músico de la corte, incluso como tutor privado de música del príncipe Enrique.  Un poema dirigido a Ferrabosco de Jonson en el Libro de Ayres del primero. Ferrabosco colaboró ​​con Ben Jonson en varios proyectos, incluido The Masque of Blackness (1605), y además escribió música para varias otras máscaras. Su música fue publicada por John Browne en 1609, incluyendo una serie de configuraciones de poemas de John Donne y Thomas Campion, así como música para laúd y viola.

Escribía con frecuencia en el nuevo estilo declamatorio barroco y, aunque nunca fue a Italia, conocía bien la música italiana contemporánea. La reputación de Ferrabosco el más joven se basó en gran parte en su destreza como violista, y más aún en sus composiciones para viola consorte. Fueron obras muy idiomáticas, con muchas divisiones y líneas virtuosas. También escribió muchos In Nomines, que fueron grandes ejemplos de ese género popular, sin la inclinación pedante que poseyeron muchos In nomines posteriores. Ferrabosco también fue uno de los primeros en escribir música lyra para viol en tablatura, junto con Coprario, y escribió un libro de lecciones para viol lyra.  Ferrabosco tuvo continuamente dificultades con las deudas y estuvo involucrado en un esquema fallido que involucraba varios derechos sobre el río Támesis, incluido el dragado de grava e imponiendo multas a las personas que causaban molestias en él. Murió en marzo de 1628 y fue enterrado en la iglesia de St Alfege el  mes  de noviembre, en su pueblo natal de Greenwich.