David del Puerto cursó sus primeros estudios musicales en Madrid a finales de la década de 1970. Se formó con los maestros Francisco Guerrero y Luis de Pablo, en las disciplinas de armonía y composición, así como con Alberto Potín y Jesús María Corral.
Dedicado profesionalmente a la música desde principios de los años 1980, su consagración se produjo en 1986 tras ser invitado a participar en el Almeida Festival of Contemporary Music de Londres con dos de sus obras. Poco después recibió de Pierre Boulez el encargo de escribir una nueva obra para el Ensemble InterContemporain (Daneb, 1988). En 1987, su obra Veladura fue seleccionada para ser interpretada en París en el concierto "La Escuela Española Contemporánea", con Guerrero, de Pablo y Halffter.
En 1993 consiguió el Premio "Gaudeamus" en Ámsterdam con el Concierto para oboe y conjunto de cámara, así como el premio del programa "El Ojo Crítico" de Radio Clásica de Radio Nacional de España.
Ha sido profesor emérito de composición en varios conservatorios de música y universidades en Bélgica, Holanda, Estados Unidos, y España. Asimismo, ha participado en congresos y ha ofrecido numerosas conferencias en distintos centros pedagógicos europeos. Actualmente es profesor de Análisis en la Escuela Superior de Música Reina Sofía de Madrid.
Algunos de los intérpretes más destacados de sus obras han sido la Orquesta Nacional de España, Orquesta de RTVE, JONDE, ORCAM, Real Filharmonía de Galicia, OSPA, London Sinfonietta Orchestra, Finnish Radio Symphony Orchestra, Wisconsin University Symphony Orchestra, Orchestre Symphonique du Rhin-Mulhouse, Plural Ensemble, Grup Instrumental de València, Taller Sonoro y el Cuarteto Casals.
Han interpretado sus obras solistas como Ernest Rombout, Ananda Sukarlan, Ángel Luis Castaño, Guillermo Pastrana, Evelyn Glennie, Miguel Bernat y Sarah Leonard, y directores como José Ramón Encinar, Sakari Oramo, Diego Masson, Luca Pfaff, Josep Pons, Fabián Panisello, Tapio Tuomela y Pablo Heras-Casado.
Durante la temporada 1999-2000 fue compositor de la Joven Orquesta Nacional de España (JONDE), para la que compuso Mito, para 13 instrumentos, así como Fantasía Segunda (orquesta). En 2002 estrenó su obra escénica Sol de Invierno, para mezzosoprano, barítono y seis percusionistas, basada en Espectros, de Ibsen, por encargo del conjunto «Drumming» de Oporto.
En 2005 recibió el Premio Nacional de Música (categoría de Composición) por su trayectoria artística, especialmente por el estreno de su Sinfonía nº. 1.