Jean-Jacques Werner (20 de enero de 1935 – 22 de octubre de 2017) fue un director de orquesta y compositor francés de música moderna.

Nacido en Estrasburgo, Werner era el mayor de cinco hermanos. Comenzó sus estudios musicales en el conservatorio de su ciudad natal, donde obtuvo sucesivamente primeros premios en arpa, trompa y dirección orquestal. Posteriormente, continuó sus estudios en la Schola Cantorum de París, en las clases de Pierre Wissmer, Daniel Lesur y Léon Barzin.

Paralelamente a su faceta como compositor, su carrera como director de orquesta comenzó en 1960, con el firme deseo de dar a conocer las obras de su época. Dirigió las orquestas de la Radiodiffusion-Télévision Française, la orquesta de cámara, la orquesta lírica, la Orchestre philharmonique de Radio France y la Orchestre national de France, entre otras.

Werner falleció en Barr (Bajo Rin) a los 82 años.