Estudió composición y armonía en el Conservatorio Superior de Música de Valencia bajo la guía de los maestros Ramón Martínez y Pere Sosa. Después trabajó como director de diversas compañías de zarzuela y colaboró en obras teatrales con los maestros José Serrano y Pablo Luna. En 1917 estrenó en Valencia su primera obra de teatro y al año siguiente la Orquesta de Valencia dio a conocer su poema sinfónico El pueblo está de fiesta, que en 1919 la Orquesta Filarmónica presentó en Madrid.

En 1920 produjo El amor es el amo, su primera zarzuela, continuando en los años siguientes con otras obras entre las que se destacan Los grandes autores (1925), que fue estrenada en el Teatro Alcázar de Madrid, Sangre de reyes (1925), escrita en colaboración con Pablo Luna y, sobre todo, Al dorarse las espigas (1929) y Rosamor, del mismo año, que al ser estrenada en Bilbao, se tuvieron que repetir todos los números de la partitura a pedido del público.

A raíz de la guerra civil española se exilió en Buenos Aires, donde se radicó y trabajó hasta su fallecimiento. En Argentina estrenó —entre otras zarzuelas— Una mujer argentina, dada en Buenos Aires en 1937, Los salmones (1938), Carmen, la sevillana (1943) y El caballero del milagro (1961).

Después de calificar como irregular la obra de Balaguer, Arnau afirma que «lo cierto es que en las partituras de este artista encontramos el denominador común de un lirismo con recio impulso, sincero y expresivo, bien sustentado por un trabajo armónico nada rutinario y, particularmente, magníficamente realizado en la orquestación, menester en que Balaguer era maestro».

En Argentina también colaboró en diversos filmes, recordándose especialmente la dirección musical que realizara en la exitosa película Los martes, orquídeas (1941).