Se sabe poco sobre su juventud, pero se crió en una familia de músicos. Su hermano Peter Albrecht Hagen (también llamado Peter Albert van Hagen, 1714 - 12 de septiembre de 1777) estudió violín con Francesco Geminiani, aprendió a tocar el laúd y el órgano y fue organista en Róterdam. Se conservan varias transcripciones de las obras para violín de Geminiani para laúd realizadas por J.B. Hagen. El joven Bernhard Joachim Hagen también debió aprender a tocar el laúd y el violín a temprana edad, pues en 1737 ya trabajaba como asistente del virtuoso del violín y maestro de capilla de Bayreuth, Johann Pfeiffer; más tarde fue incluido oficialmente como violinista de la corte. Mantuvo este puesto en la corte de Bayreuth y desde 1769 en la de Ansbach hasta su muerte. Adam Falckenhagen y Charles Durant (Karol Duranowski), también llamado a la corte de Bayreuth por Guillermina de Bayreuth, pudieron haberlo entrenado aún más en el laúd. En 1745, Hagen se casó con Anna Fikentscher (nacida en Bayreuth; fallecida el 22 de mayo de 1789 en Ansbach). Entre 1760 y 1761 visitó a su hermano en Rotterdam y allí dio cinco conciertos desde noviembre hasta marzo.

Hagen trabajó en la corte de Bayreuth como violinista y laudista, y sus virtuosas interpretaciones y composiciones para laúd eran conocidas y apreciadas. Es uno de los compositores para laúd más importantes de la era posterior a Sylvius Leopold Weiss, y mucho más importante que sus maestros Falckenhagen y Durant. Su estilo está marcado por la Empfindsamkeit y el comienzo del periodo Sturm und Drang. En la música de Hagen se percibe claramente la influencia de Carl Philipp Emmanuel Bach. Gracias a los esfuerzos de la margravina Wilhelmine, la música para laúd floreció por última vez en el siglo XVIII antes de ser redescubierta en el siglo XX.