Inició los estudios de violín en Tudela y más tarde en Pamplona con Felipe Aramendía. Se trasladó posteriormente a Madrid, donde asistió a las clases de violín con José del Hierro y de composición con Conrado del Campo en el Conservatorio de Música de Madrid. A esta etapa en Madrid corresponden sus primeras obras, algunas de ellas de calidad insuperable: el ballet La Maja Vestida (1919), el poema sinfónico Alba (1922) o las Tres piezas para piano (1923)

En 1923 gana el Premio Roma de la Academia de Bellas Artes de San Fernando con una cantata y una fuga y obtiene la beca que le permite trasladarse a Italia y estudiar en Roma con Gian Francesco Malipiero hasta 1927. De esta época son, entre otras, el motete Quam pulchri sunt para coro y orquesta (1925) o el Homenaje a Góngora (1927).

En 1928 regresa a Madrid y obtiene por oposición una plaza de viola en la Orquesta Sinfónica de Arbós. Se hace cargo, también, de la gerencia y de la dirección artística de la empresa «Filmófono», compañía productora y distribuidora de películas, lo que le permite poner música a varias películas y colaborar con directores de cine del prestigio de José Luis Sáenz de Heredia o Luis Buñuel y conocer a García Lorca, Adolfo Salazar, etc..

En 1930 se presenta el Grupo de Madrid, bautizado también como Grupo del 31 o de la República. A él pertenecen Salvador Bacarisse, Juan Bautista, Mantecón, Rosita García Ascot, Gustavo Pittaluga, los hermanos Rodolfo y Ernesto Halffter y Fernando Remacha, quien se convirtió en uno de los músicos más representativos de la Generación del 27. En 1932 logró el Premio Nacional de Música con un Cuarteto con piano.

Antes de 1939 escribió otro Cuarteto, dos poemas sinfónicos, uno de los cuales se estrenó bajo su dirección con la Orquesta Lassalle, y varias obras corales y partituras cinematográficas.

La Guerra Civil truncó el esfuerzo y la ilusión de esta generación de compositores que se dispersó en distintos exilios. Unos huyeron fuera de España y otros, como Remacha, optaron por el exilio interior. Tras la Guerra Civil española volvió a Tudela y prácticamente abandonó la composición hasta los años cincuenta.

En 1957 Fernando Remacha pone en marcha el Conservatorio Pablo Sarasate de Pamplona, que llegó a convertirse en una institución pedagógica ejemplar bajo su dirección. En 1959, como director del Conservatorio se Pamplona, viajó a París, Munich, Milán y Viena, con objeto de estudiar el funcionamiento de los Conservatorios.

Al frente del Conservatorio “Pablo Sarasate” de Pamplona hata 1972, año de su jubilación, llevó a cabo una eficaz y renovadora labor didáctica.

En el conjunto de su obra merece la pena destacar algunas partituras que constituyen por sí solas hitos significativos en la música contemporánea española: los dos cuartetos, la cantata Jesucristo en la Cruz (Premio Tomás Luis de Victoria en 1964), el motete Quam pulchri sunt, las Vísperas de San Fermín (1951), Concierto para guitarra y orquesta (1955), Rapsodia de Estella (1958), así como la obra para piano o la música coral.

A pesar de no tener una extensa producción, Remacha es uno de los principales músicos españoles del siglo XX. En sus primeras obras se encuentra cierta influencia de Stravinski, Falla y Malipiero, si bien muestra una independencia de estilo en la que, sin renunciar a la esencia española, se aleja del nacionalismo musical. Sólo se acerca al folklore con Rapsodia de Estella. En Concierto para guitarra y orquesta se acerca al expresionismo, retomando preocupaciones atonales de sus primeras composiciones a la vez que profundiza en la esencia española esencialista, lo que culminará en Jesucristo en la cruz.